La permanencia de los estudiantes aparece como uno de los principales desafíos, no solo para la Universidad Nacional de Misiones (UNaM), sino también para el sistema universitario a nivel nacional. El Informe Final de Autoevaluación Institucional 2025, elaborado en el marco del proceso de evaluación de la Comisión Nacional de Evaluación y Acreditación Universitaria (CONEAU), se señala que cerca de la mitad de quienes comienzan una carrera universitaria no continúa sus estudios luego del primer año. En la mayoría de los casos, esto se da porque los estudiantes se encuentran en un proceso de definición de su área de desenvolvimiento profesional.
De acuerdo con el documento, la tasa de retención en el primer año alcanza el 55,4%, un valor apenas inferior al promedio de las universidades nacionales, que se ubica en 56,1% para carreras presenciales. Esto implica que aproximadamente cuatro de cada diez estudiantes dejan de cursar durante el primer año.
El análisis por cohortes muestra que entre 2018 y 2023 la deserción del primer año se mantuvo relativamente estable, con un promedio cercano al 42%, mientras que la cohorte 2020 registró el peor desempeño: uno de cada dos ingresantes abandonó, fenómeno que el informe atribuye al impacto de la pandemia de COVID-19.